Een team van specialisten heeft software gemaakt om delen van het genoom van een dier te identificeren en te vergelijken. Dankzij deze ontwikkeling zal het mogelijk zijn de nabijheid van een diersoort bij andere diersoorten in de algemene structuur van de hiërarchie te volgen, en de veranderingen te analyseren die zich in de loop van de evolutie bij vertegenwoordigers van verschillende soorten hebben voorgedaan.
Miljoenen soorten bewonen de planeet Aarde. Belangrijke factoren zoals uiterlijk, levensstijl, eetgewoonten worden grotendeels bepaald door de set genen. En de variatie in deze sets varieert aanzienlijk met het aantal soorten, waarbij specialisten ongeveer 20.000 combinaties van verschillende genen tellen. Het blijkt dus dat soorten niet alleen en niet zozeer van elkaar verschillen door de genen zelf, maar door parameters van hun rangschikking ten opzichte van elkaar. In de wetenschap is er een speciale term, synteny, die verwijst naar een specifieke volgorde van rangschikking van individuele elementen in het genoom.
Een van de ontwikkelaars van het project, ingenieur Ksenia Krasheninnikova, heeft het voorbeeld aangehaald van gorilla’s en chimpansees, die een identieke set genen hebben, maar van elkaar verschillen juist door hun verschillende sequentie.
Om precies het verschil tussen de structuren van het genoom te vinden, moeten deskundigen eerst deze ongelijke gebieden vinden. Je kunt het niet handmatig doen omdat je te veel gegevens moet verwerken. Daarom proberen wetenschappers speciale programma’s te ontwikkelen om het selectieproces te vergemakkelijken en te optimaliseren.
De nieuwe ontwikkeling, halSynteny genaamd, zou sneller zijn dan eerdere systemen. Bovendien kan hij in twee formaten tegelijk werken.
Een fundamenteel andere benadering van het vinden van synthetische sequenties draagt bij tot een grotere snelheid. Meestal gebruiken methoden pre-annotatie, in het geval van de halSynteny gebruik alignment technologie, waar verschillende delen van een genenset worden gematched met andere. Het resultaat is een reeks overeenkomsten die de basis vormen voor het trekken van conclusies over de verschillen.
Het gebruik van de programmeertaal C++ verbetert de prestaties, zodat alle berekeningen verscheidene malen sneller zijn dan met andere methoden.
Hoe zal dit nieuwe systeem het werk van genetische ingenieurs precies vergemakkelijken?
Wat voor soort veranderingen zullen er worden geïmplementeerd in dit nieuwe systeem om het werk van genetische ingenieurs te vergemakkelijken?